高新技術企業是指在《國家重點支持的高新技術領域》內，持續進行研究開發與技術成果轉化，形成企業核心自主知識產權，并以此為基礎開展經營活動，在中國境內（不包括港、澳、臺地區）注冊一年以上的居民企業。通過認定的高新技術企業，其資格自頒發證書之日起有效期為三年。相比于原辦法，新辦法在申請資料及備案方面要求更加嚴謹；在認定程序方面更具有時效性；在監管方面更具有合理性。
 

（一）準備申請資料方面

新辦法第六條取消“獨占許可合同”字樣，增加“近三個會計年度企業所得稅年度納稅申報表”。同時要求企業歷年的納稅申報記錄與會計報表等提交資料應保證內在邏輯的一致性。為監管機構的后續管理奠定了基礎。

（二）在年度備案方面

新辦法第十三條增加企業獲得高新技術企業資格后，應每年4月底前在“高新技術企業認定管理工作網”填報上一年度知識產權、科技人員、研發費用、經營收入等年度發展情況報表。其要求與《國家稅務總局關于實施高新技術企業所得稅優惠有關問題的通知》（國稅函【2009】203號文，以下簡稱203號文）第五條關于備案的內容要求上基本一致。因新辦法由三部委聯合發布，增加備案管理，在執行力度上將高于203號文，使高新技術企業備案管理具有更高的法律地位。

（三）認定程序方面

新辦法（三）規定：認定企業由領導小組辦公室在“高新技術企業認定管理工作網”公示10個工作日，無異議的，予以備案。相比于原辦法，公示日由15個工作日減少到10個工作日，增加了高新技術企業認定的時效性。

（四）監管方面

新辦法第十九條“取消高新技術資格的情形規定”中對“提供虛假信息”和“偷騙稅行為”增加“嚴重”定語，避免了原辦法對上述行為不區分情節嚴重，一刀切，處罰有失公平、公正原則。但如何界定“嚴重”，相信會在后續出臺的配套工作指引中加以明確，否則監管機關在實操中會有很大的自由裁量權，容易產生爭議。

特別需要強調的是，新辦法第十九條增加“累計兩年未填報年度發展情況報表的”將被取消高新技術企業資格，同時取消了“被取消資格的企業，認定機構在5年內不再受理該企業的認定申請”的規定。


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